な・な・なんと！プリキュアオールスターズがちっちゃくなゃった！ それは「プリキュアの想い出」をねらうミデンのしわざ！想い出をうばわれると、これまでのことをぜ～んぶ忘れちゃうみたい！？ しかも残ったプリキュアは「ＨＵＧっと！プリキュア」と「ふたりはプリキュア」だけで・・・・・大ピンチ！！ こうしちゃいられない！みんなで力を合わせて、キラキラ大切な想い出を取り返しにいこう!!(C)2018 映画ＨＵＧっと！プリキュア製作委員会

私、野乃はな！今日は待ちに待ったはぐたんのお花畑デビュー♪のはずだったのに、突然あらわれた怪物・ウソバーッカが、世界中をウソだらけにするために大暴れ！さあやとほまれがさらわれて、2人と離ればなれになっちゃったの！めちょっく！！しかも次は『プリキュアアラモード』と『魔法つかいプリキュア』がねらわれているみたい…急いでみんなを探そう！――「【約束】をやぶったら、【ウソツキ】になっちゃうよ？」――そのとき、私は思い出したの。幼いころ不思議な男の子・クローバーとの約束を果たせなかったことを…。

私、宇佐美いちか！フランスで開催される有名なスイーツコンテストにキラパティメンバーの出場が決定したよ♪でもシエルがなんだか絶不調みたいで…スイーツづくりもプリキュアの変身もうまくいかなくなっちゃった！ コンテスト会場では個性的なパティシエのジャン＝ピエールさんに出会ったんだけど、なんとこの人！シエルのパリ修行時代の師匠なんだって！あっ！キラっとひらめいた☆シエルが師匠につくってもらった想い出のスイーツ【ミルフィーユ】をコンテストで一緒につくろうよ！

トビラをぬけてフシギな世界へ――３つの勇気で守ってみせる！ある日、宇佐美いちかはフシギな夢で見たサクラという謎の女の子と、現実の世界で出会ってしまった！「桜が原」という別の世界からやってきたサクラは、＜世界中のキレイなもの＞を狙う鴉天狗の魔の手により離ればなれとなった友達の狐・シズクを助ける為に、「鍵」「宝石」「スイーツ」のプリキュアを探しているのだという。（……）謎の強敵・五月雨が立ちはだかる。サクラの想いに導かれるように、桜が原へと続くトビラの封印が解かれ、プリキュア１２人はいざサクラの世界へ―――。

わたし、朝日奈みらい！みんな、“願いの石”って知ってる？どんな願いも叶えてくれるすっごい石なの！今日はその復活をお祝いする、100年に一度の大魔法フェスティバル♪リコもはーちゃんも一緒に“願いの石”にお願いごとをしたんだけど、なんと石のちからに選ばれたのはモフルンだったの！ほんとワクワクもんだぁ！！（……）みんなの願いが奇跡をおこすよ！！と思ったら、え～～～！！モフルンがプリキュアになっちゃった～！？

みらいとリコはにぎやかな街に遊びにきてウキウキ。なのに…突然現れた魔女のソルシエールと、その仲間・トラウーマの魔法で離れ離れにされちゃった！　彼女たちの狙いは<プリキュアの涙>。その涙で最悪の魔法が完成しちゃうの！？　世界を守れるのは、プリキュア44人の友情だけ！みんなの応援で映画館に奇跡をおこそう！